Il s’agit sans doute de la recommandation la plus pressante du rapport. Selon les estimations les plus récentes, les PME ont payé au moins 1,8 milliard en 2011 au chapitre de la cotisation des entreprises au Fonds des services de santé, qui est en fait une taxe sur la masse salariale. L’impact sur les finances publiques serait progressivement amoindri par diverses autres mesures proposées par les experts de HEC. « Ce n’est pas idéologique : c’est fondamentalement une très mauvaise taxe, insiste M. Gagné. En agissant ainsi, on se retrouve avec une fiscalité concurrentielle et on allège le fardeau fiscal des PME. Si elles n’ont pas de liquidités, elles ne feront pas de R-D. »

Plutôt que le « bar ouvert » actuel dans lequel puisent surtout de grandes entreprises, selon l’expression de M. Gagné, le gouvernement devrait opter pour une approche par projets. « Il pourrait ainsi sélectionner en amont les activités financées, assurer un suivi des retombées et retirer le financement lorsque les objectifs ne sont pas atteints », peut-on lire dans le rapport. En plus d’être plus productive, cette formule permettrait à Québec de réellement contrôler les coûts de ses crédits d’impôt, estime le professeur. « Le gouvernement ne dit pas qu’il a par exemple 500 millions en crédits d’impôt, ce ne sont pas des enveloppes fermées, il n’y a pas de limite. »

Même si on remet en question son efficacité pour stimuler la R-D, on estime que le crédit actuel devrait être préservé « pour maintenir la parité avec les autres provinces, qui offrent elles aussi un crédit en parallèle du crédit fédéral ». Grosses différences : les critères d’octroi devraient être resserrés et le crédit ne devrait être offert qu’aux PME. On suggère notamment que ce crédit ne soit plus pleinement remboursable ni permanent. « De cette façon, le gouvernement évitera de financer année après année des activités de R-D récurrentes et peu porteuses », écrit-on. On suggère notamment d’assujettir le crédit remboursable à un taux dégressif – le maximum est actuellement de 30 % – une fois que la PME s’en serait prévalue une première fois.

En recul depuis près de deux décennies, le secteur manufacturier québécois est pourtant un moteur incontournable de l’innovation. On suggère au gouvernement un grand ménage dans les crédits actuellement proposés à ces entreprises pour « recentrer l’aide » avec un seul crédit à l’investissement. Celui-ci servirait essentiellement à encourager les investissements qui stimulent leur compétitivité, l’achat de technologies et de procédés, la modernisation de la production. « Proposé en parallèle du crédit à la R-D, les PME manufacturières disposeraient de deux mesures pour les inciter à innover, que ces activités passent par de la R-D effectuée localement ou par des investissements qui contribuent directement à améliorer l’efficacité de leur production », estiment les auteurs du rapport.

Même si le sujet ne fait pas partie formellement des recommandations du rapport, on l’évoque dès les premières pages en estimant que « le gouvernement du Québec a entravé la capacité de la province à générer de l’innovation en ne plaçant pas l’éducation en tant que mission prioritaire ». Depuis le début des années 2000, la croissance des dépenses à ce chapitre a été quatre fois moins rapide qu’en Ontario, entraînant un manque à gagner annuel estimé à 1,5 milliard. « L’éducation est vraiment la source la plus profonde, il est clair qu’une société mal scolarisée ne sera pas innovante, dit Robert Gagné. L’innovation, ça ne tombe pas du ciel, ça va venir de nos gens, de notre population, des gens qui fréquentent nos universités. »