Traquer les variants dans les eaux usées

Depuis le printemps dernier, des ingénieurs de Polytechnique et de McGill suivent la progression de la COVID-19 en analysant la quantité de virus dans les eaux usées de Montréal. Ils veulent maintenant décerner plus rapidement les variants préoccupants. À Ottawa, des chercheurs ont trouvé un moyen de détecter si le variant britannique apparaît dans la capitale.

À la recherche du variant britannique

La détection des variants du SARS-CoV-2 a déjà commencé dans les eaux usées à Ottawa. « On cherche une mutation qui est présente dans le variant britannique », explique Tyson Graber, biologiste à l’Hôpital pour enfants de l’est de l’Ontario. « Pour le moment, on ne l’a pas vue dans les eaux usées à Ottawa, mais on a pu la voir dans d’autres villes en Ontario où nous venons d’appliquer notre technique. » Depuis deux semaines, M. Graber teste deux fois par semaine les eaux usées d’Ottawa pour voir si cette mutation du variant britannique y est présente (les tests généraux pour le SARS-CoV-2 sur les eaux usées ont lieu chaque jour).

Séquençage

À Montréal, on privilégie plutôt la trace du séquençage, avenue qui permettra de détecter à l’avance l’apparition d’un nouveau variant. « Avec notre approche, on ne peut que détecter les mutations déjà connues », note M. Graber. Les chercheurs se sont intéressés aux variants britannique, sud-africain et brésilien dès le mois de décembre et ont obtenu du financement pour faire du séquençage. Les conclusions de ces analyses se font toutefois attendre. « On s’est dépêchés pour envoyer nos échantillons au centre de génome à McGill. Mais ils ont eu des problèmes d’approvisionnement pour avoir du matériel pour notre technique de séquençage. Alors on n’a toujours pas les résultats », déplore Sarah Dorner, ingénieure de Polytechnique, spécialiste de l’analyse virus dans les eaux usées. Les travaux de Mme Dorner ont justement démontré, il y a quelques semaines, que le nombre de cas de COVID-19 a probablement été sous estimé le printemps dernier. Mme Dorner tentait depuis l’automne dernier de faire du séquençage, mais ses demandes de subventions étaient toujours sous évaluation quand les variants britannique et sud-africain se sont déclarés en décembre. C’est donc un financement interne de l’Université McGill, obtenu par le collaborateur de Mme Dorner, Dominic Frigon, qui leur a permis de lancer le projet de séquençage de la SARS-CoV-2 des eaux usées montréalaises. Ce double retard – sur le plan des subventions et du matériel de séquençage – signifie que le séquençage sera plutôt utilisé pour les prochains variants à se révéler problématiques, plutôt que pour ceux qui font les manchettes actuellement.

Projet canadien

La détection du SARS-CoV-2 dans les eaux usées a été étudiée par des équipes des universités de toutes les grandes villes canadiennes, qui collaborent entre elles pour trouver les meilleures méthodes. « Nous sommes en contact avec plusieurs équipes au Canada, dont celle du laboratoire national de microbiologie à Winnipeg, pour comprendre les limites de la détection des variants dans les eaux usées », dit Dominic Frigon, de McGill. Selon M. Graber, suivre le SARS-CoV-2 dans les eaux usées permet de détecter une éclosion quelques jours avant que les cas n’augmentent dans les hôpitaux, dans les villes où le système de dépistage n’est pas au point, par exemple s’il y a des délais dans les analyses de tests diagnostiques.

L’origine du coronavirus

La demande initiale de financement pour du séquençage de SARS-CoV-2 de Mme Dorner et de M. Frigon visait à déterminer comment le virus était arrivé au Canada. « Est-ce qu’il était venu d’Europe ou d’Asie ? dit Mme Dorner. On a pu détecter que pour le Québec, il était venu principalement d’Europe. On s’intéressait aussi à la question de l’évolution. Mais avant les Fêtes, avec l’apparition des variants britannique et sud-africain, avec des implications pour la transmission et l’efficacité des vaccins, les priorités de recherche ont changé. »

Les variants en chiffres

80 % des variants en Ontario ont été détectés dans la région de Barrie

Source : ministère de la Santé de l’Ontario

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